Se había preparado una tumba para ella cuando era simplemente la esposa de Tutmosis II. Fue descubierta en 1916 por Howard Carter. Esculpida en la ladera de la montaña tebana, a 28 metros del suelo, en las profundidades del ouadi Sikkat Taquet ez-Zeid, la tumba está lo suficientemente alta como para que el sol poniente penetre en ella durante el equinoccio de otoño. Sin embargo, a la muerte del rey, Hatshepsut accedió al trono y al estatus de reina-faraón. Así que un día habría que enterrarla en el Valle de los Reyes y no aquí. Y así lo hicieron.
Se convirtió entonces en una auténtica caza del tesoro para arqueólogos y egiptólogos. Tras la muerte de la reina, las autoridades litúrgicas decidieron reunir al padre, Tutmosis I, con su hija, la reina Hatshepsut. Tutmosis I fue exhumado y colocado junto a su hija en la tumba KV20 del Valle de los Reyes. Después, por alguna razón, los dos cuerpos fueron trasladados. La momia de Hatshepsut se colocó de forma anónima y probablemente secreta, para ocultarla, en la tumba (KV60) de su nodriza Sat-Ra, todavía en el Valle de los Reyes, para que su momia no pudiera ser identificada. La momia de su padre, en cambio, se ocultó en un escondite real, una cueva construida en el acantilado que domina el templo de su hija, de un millón de años de antigüedad, en Deir el-Bahari, ¡el templo de Hatshepsut!